In Erinnerung an die alte Heimat der Mönche dürfte sehr bald - etwa um 1130 - in der Nähe der Klostermühle und der Bäckerei eine Kirche entstanden sein. St. Blasien liegt am Fuß des Waxenberges, der um 1290 erstmals namentlich genannt wurde.
Die Kirche wurde unter Abt Wolfgang von Retz um 1450 neu errichtet. Zwei Sagen behaupten, der Waxenberg sei ursprünglich vom Hl. Altmann als Klosterberg vorgesehen gewesen: Die erste Sage berichtet, dass Altmanns Stift auf dem Waxenberg errichtet wurde. Die Mauern, die man tagsüber errichtete, standen aber am nächsten Morgen auf dem Göttweiger Berg. Darum entschloss sich der Gründer, das Kloster an der heutigen Stelle zu errichten.
In der zweiten Sage wird erzählt, dass das Stift schon seit einiger Zeit auf dem Waxenberg gestanden sei. Doch den Mönchen war der Nachbarberg lieber. Ihre Gebete wurden erhört. Eines Nachts trugen Engel das Gebäude mitsamt den Bewohnern auf den Göttweiger Berg, und auf dem Waxenberg war keine Spur von Mauern mehr zu sehen.