Im 18. Jahrhundert wurde die Kirche barockisiert. Aus dieser Phase haben sich Fragmente von Deckengemälden erhalten, die Maria Himmelfahrt wird Martin Johann Schmidt (Kremser Schmidt) zugeschrieben.
1784 hob Kaiser Joseph II. das Kloster auf. Die Kirche wurde entweiht und diente in der Folge als Knopffabrik, Getreidespeicher, Theater, Kino und Feuerwehrdepot. 1891 wurde eine Zwischendecke eingezogen und ein Museumsraum geschaffen. Im Kloster wurden Wohnungen und Werkstätten untergebracht.
1961 wurde der Komplex umfassend restauriert und wird seither als Kremser Stadtmuseum (museumkrems) genützt. Der Besucher betritt das Museum durch die mittelalterliche Klosterpforte. Ausgestellt sind spätgotische Plastiken und Tafeln, Zeichnungen und Gemälde von Martin Johann Schmidt und eine volkskundliche Sammlung mit dem Schwerpunkt Weinbau.
Die Kirche dient seit 2011/2012 der Landesgalerie für zeitgenössische Kunst für temporäre Ausstellungen im Sommer. Seit 2017 wird die Kirche im Sommerhalbjahr für Ausstellungen der Kunsthalle Krems und im restlichen Jahr wie zuletzt für vielfältige Veranstaltungen genutzt.
Der virtuelle Rundgang ermöglicht einen guten Überblick über die Räumlichkeiten der Dominikanerkirche.
